De romanske kalkmalerier
Kirkens ældste kalkmalerier er malet af Jørlundeværkstedet. De findes i triumfbuen, på triumfvæggen og i dens sidealternicher, samt på skibets nordvæg. Der er ikke fundet rester af romanske kalkmalerier på sydvæggen, og der er heller ingen farvespor i kirkens kor.
Selv om de romanske kalkmalerier kun er fragmentarisk bevaret, regnes de herhjemme blandt de fornemste kalkmalerier fra den tidlige middelalder, og de vurderes som værende på højde med samtidens europæiske kunst. De er berømte dels for deres byzantinske islæt og dels fordi alle glorier og figurernes klæder er udsmykket med guldbelagte relieffer. I ingen anden dansk romansk kirke er der anvendt så meget forgyldt stukrelief som i Måløv kirke. De adskiller sig desuden ved billedvalget: Deesis, Opstandelsen og Pilatus der symbolsk vasker sine hænder er motiver, der stort set ikke findes i andre romanske kalkmaleriudsmykninger herhjemme.
Triumfbuen
Motiverne i triumfbuen forestiller de to gammeltestamentelige konger David og Salomon. I dag er kongerne gengivet i halvfigur. Oprindeligt var deres underkroppe også malet, men den nederste del af motiverne gik tabt, da man omkring år 1500 udvidede triumfbuen.
Triumfvæggen
I frisen over triumfbuen er der uden afgrænsning placeret tre kompositioner. I midten ses en Deesisfremstilling, mod nord en scene fra Golgatha og mod syd en fremstilling af Opstandelsen. Den nederste billedfrise er så ufuldstændigt bevaret, at det er umuligt med sikkerhed at afgøre hvilke motiver der har været malet her. Blandt forskellige formodninger hører Kains og Abels offer mod nord og Isaks ofring mod syd. I triumfvæggens sidealternicher ses mod nord Maria med Jesusbarnet, og mod syd en Bispehelgen.
Nordvæggen
Hvis fortællingen i kalkmalerierne skal følge fortællingerne i bibelen, skal kalkmalerierne læses fra øst mod vest, altså modsat den normale læseretning. Det er derfor mærkeligt at enkeltmotiverne er malet i den normale læseretning.
Den øverste billedfrise skildrer Jesu lidelseshistorie. Længst mod øst ses en fremstilling af Judaskysset, dernefter følger et fragment med to glorier, som ikke kan knyttes til bestemte personer og længst mod vest findes Pilatus der symbolsk vasker sine hænder efter forhøret af Jesus.
Den nederste figurfrise er en Dommedagsfremstilling. Mod øst fragmenterne af Dommedag. Til venstre for ham resterne af to personer, som man formoder er et stifterpar. Længst mod vest Abraham, der sidder med de frelste i skødet, hvilket er en allegori for Paradiset. Fremstillingen af Helvede og de fordømte mangler, for hvis det skulle have været med ville det have været placeret lige ved siden af den nordre sidealterniche, hvor Maria sidder med Jesusbarnet, hvilket ville havde været utænkeligt. Det kan derimod godt passe at et verdsligt par (stifterparret) har stået så tæt på frelsen. Ved at bekoste kirkens udsmykning, har de jo gjort sig fortjente til en plads i himmelen.