Kalkmalerierne i Ballerup kirke er fra to forskellige tidsperioder. De ældste stammer fra cirka 1250, dem finder man i korbuen. Kirkens øvrige kalkmalerier er fra perioden omkring 1430, disse tilskrives Kongstedmaleren. Kalkmalerierne fremtræder i dag som et resultat af flere restaureringer. Nogle kalkmalerier var så dårligt bevaret, at de ikke længere står fremme, men man kender dem fra akvareller, der blev tegnet af restauratorer sidst i 1800-tallet, og som nu befinder sig på Nationalmuseet.
Oversigt over kirkens kalkmalerier
| kor | skib, 1. fag | skib, 2. fag | |
| triumfbue | Kain & Abel | ||
| østkappe | Dommedag | Sankt Jakob | Korsfæstelsen |
| østvæg | Bispehelgen og korslam | ||
| sydkappe | Sankt Peter | St. Michael Dragedræber | Jesu dåb |
| vestkappe | Jomfru Maria | Pavevelsignelse | St. Michael Sjælevejer |
| nordkappe | Gud og engle | Marie Magdalene | St. Jørgen og dragen |
| nordvæg | Den dobbelte forbøn | ||
| triumfbue | Kain & Abel og hellig person | ||
| triumfvæg | Dommedag |