Glasmosaikken hører til Ballerup kirkes nok mest omdiskuterede inventar. Den blev skænket til kirken af Fru Karen Larsen fra Lundegården på Jonstrupvej i forbindelse med
kirkens udbygning i 1885, men blev først udført og opsat i 1903. Den blev placeret i korets østvindue, men siden mente man at den skæmmede kalkmalerierne, og i løbet af 1930’erne blev den derfor flyttet til sideskibets østvindue, hvor de har siddet i siden, dækket af Küchlers altertavle. Først i år 2000 blev altertavlen flyttet og mosaikkerne kunne igen ses. Glasmosaikken er tegnet af professor Albert Jensen og udført af maleren Overgaard. Den forestiller kirkeårets tre højtider; julen, påsken og pinsen. Nederst er Jesu fødsel med Jesusbarnet i krybben omgivet af Jomfru Maria, Josef og de hellige tre konger. Derefter Jesu opstandelse, hvor englene modtager ham foran graven, og øverst Helligåndens komme. Helligånden ses i form af en due over de hellige personer.
.
Helligåndens komme
Jesu opstandelse
Jesu fødsel
.
.
.
