Ballerup kirkes orgel er fra 1969. Det er tegnet af orgelbygger Poul Gerhard Andersen og leveret af orgelbygger Peter Bruhn. Orglet er 3 meter bredt, 1,25 m dybt og 6,2 m højt. Fagfolk har udtalt sig rosende om orglets klang.
Foruden de umiddelbart synlige, guldbelagte orgelpiber er der 10 fritstående orgelpiber på orglets bagside. Resten er skjult indenfor.
Tekniske data: Ballerup kirkes orgel er et 18 stemmers orgel. Lige over betjeningspladsen findes brystværket med dets store antal af mindre orgelpiber. Oven over brystværket findes hovedværket hvortil man også regner de 6 større facadepiber, der sidder henholdsvis til venstre og til højre. Yderst står de højeste facadepiber, de betjenes via pedalerne.