Ballerup var en by der havde været i vækst siden oprettelsen af jernbanelinien i 1879. Jernbanen gik fra København mod Frederikssund via Frederiksberg, Husum og Ballerup. Byens vækst gav sig blandt andet udslag i, at man i 1885 udvidede kirken, så den kunne rumme den voksende menighed. Våbenhuset blev ombygget og kirken blev udvidet med sideskib og sakristi. Byggeriet blev færdiggjort i året 1886. Bortset fra småændringer har kirken set således ud til i dag.
Våbenhuset har i dag fire døre. Den første er indgangsdøren. Lige frem for denne er døren ind til kirken. Mellem disse to indgangsdøre er der mod øst yderligere to døre. Den ene fører op til tårnet, den anden blev bygget i 1969 til orgelbetjeningen.
Sideskib og sakristi
Både våbenhuset, sakristiet og sideskibet er ligesom tårnet bygget af mursten. Da man i 1885-1886 udbyggede kirken, valgte man nemlig at holde stilen fra de tidligere tilbygninger. Man genkender for eksempel blændingerne på skibets endemur fra tårnet.
Sideskibet indeholder i dag ekstra bænkerækker samt orgelet, der er placeret længst mod vest.
Sakristiet bruges af den prædikende præst og her opbevares de ting der bruges til prædikenen.
